在日本商标以注册形式加以保护的制度始自明治17年(1884年)。当时的明治政府基于推行“殖产兴业政策”的需要、并为了满足国外许多国家的要求,在参考欧美多国商标制度后,由特许厅(英文简称“JPO”)第一任长官高桥是清负责紧急起草制定,于明治17年(1884年)6月7日颁布的。该《条例》仅比法国制定的商标法晚27年。该《条例》经过明治21年(1888年)、32年(1899年)的修订,以及明治42年(1909年)的大幅度修改后,于大正10年(1921年)初步形成了近代商标法的雏形。现行的《商标法》(共9章85条,附则30条)是昭和34年(公元1959年),为了适应日本产业和贸易的发展、在《条例》的基础上修订后,于昭和35年(1960年)4月1日开始实施的。此后曾多次进行修订,尤其是平成5年(1993年)以后,平均1-2年就做一次修订,现行的《商标法》是平成8年(1996年)进行大幅度修改过的。此外,还有《商标法实施法》、《商标法实施规则》、《商标登录(注册)令》、《商标登录(注册)令施行规则》等。
为了进一步强化对地域性商标的保护,在平成17年(2005年)6月15日公布的《商标法》第7条(团体商标)第二款中加入了“地域团体(集体)商标”内容,该修订法平成18年(2006年)4月1日实施。
随着当今网上交易的增加,知识产权的保护也得到各国的高度重视。为此,日本平成14年(2002年)4月11日,日本国会通过了《特许法等部分修改法律案》,其中就因特网上的商业行为中的商标使用保护加以强化,并于同年的4月17日以法律第24号进行公布。
平成3年(1991年)5月日本引入服务商标制度,平成4年(1992年)4月1日开始实施。此外,日本还有团体(集体)商标注册制度(地域集体商标)、防护(防御)标章注册制度。平成9年(1998年)4月1日开始对立体商标予以保护。
近年,为了将日本国的知识产权保护放到“知识产权立国政策”的首位,平成14年(2002年)日本国还颁布了《知识产权战略大纲》。此外,2003年7月日本出台了共计270条《知识产权推进计划》,平成16年(2004年)5月经过大幅度修订的《知识产权推进计划2004》长达400条。
为了减轻商标注册申请人的负担,促进迅速、准确的审查,平成14年(2002年)4月11日,日本国会通过的《特许法等部分修改法律案》中,还对商标国际注册的部分手续费的规定进行了修改。将国际注册费用调整为国内商标注册费一致,费用交纳可以在进入国家阶段注册审查决定后进行。此决定已于平成14年(2002年)4月17日开始实施。
平成15年(2003年)1月1日,日本在《商标法》第68条第30款中明确规定,基于《马德里协定议定书》商标国际注册申请的个别手续费的支付方法,可采取分期缴纳(前后5年两次支付)的方式。另外,《商标法》第68条第28款中明确规定,不接受对基于《马德里协定议定书》商标国际注册申请的补正。
发布的有关保护驰名商标《联合建议》的基础上,日本特许厅对《商标审查标准》做了相应的修改,并于平成11年(1999年)7月1日开始实施,修改过的《审查标准》充分考虑到对驰名商标和著名商标的保护问题,但这一审查标准主要在特许厅内部的审查程序中作为参考使用。